Durch die seit den 30er Jahren des 19. Jahrhunderts sich ausbildenden landwirtschaftlichen Industrien in der Gemeinde Salbke, kommt es zum vermehrten Zuzug von Katholiken aus dem Eichsfeld und den preußischen Ostprovinzen. Anfangs werden sie von der kath. Pfarrei in Magdeburg-Altstadt und später dann von Buckau aus seelsorgerisch betreut. Als nach der Reichsgründung die Zahl der Katholiken weiter ansteigt, wird bald auch der Wunsch nach einer eigenen Kirche laut. Am 9. Mai 1909 erfolgt die Grundsteinlegung für die St. Johannes Baptist Kirche. Bereits ein Jahr später wird das Gotteshaus zum vorläufigen Gebrauch geweiht. Mit der Konsekration der Kirche durch Bischof Dr. Karl Joseph Schulte, anlässlich eines Firmgottesdienstes, am 26. Juni 1912, verfügen die gut fünfzehnhundert Katholiken aus Salbke, Fermersleben, Westerhüsen, Beyendorf, Sohlen und Dodendorf, nun über ein eigenes Gotteshaus.

Die neogotische, aus Backstein errichtete Kirche ist eine dreischiffige Staffelhalle, mit breitem Querhaus und einem polygonalen Chor. Der Kirchturm befindet sich an der nordöstlichen Ecke des Gebäudes. Der Innenraum der Kirche ist weiträumig gestaltet. Auf Rundpfeilern mit Blattkapitellen ruht ein Kreuzrippengewölbe. Obwohl das Gotteshaus am Aschermittwoch, dem 14. Februar 1945 schwer beschädigt wird, sind noch viele Teile der bauzeitlichen Inneneinrichtung erhalten. Darunter der Hochaltar, der über einen neogotischen Altaraufsatz verfügt. Der im Jahre 1919 vom Münchener Bildhauer Hans Faulhaber gestaltete Kriegsgedenkaltar ist, in seiner ursprünglichen Form, nicht erhalten geblieben. Durch Wurmstichigkeit baufällig geworden, wird der Altar nach 1986 entfernt. Noch vorhandene Skulpturen sind zwischenzeitlich eingelagert worden. Die sechs Farbglasfenster im Chorraum der Kirche werden nach dem Zweiten Weltkrieg durch den seinerzeit in Fermersleben lebenden und wirkenden Glaskünstler Walter Bischof geschaffen. Die Fenster zeigen in figürlicher Darstellung biblische Motive, eingearbeitet in eine geometrische Bleiverglasung, wobei Glasschliff und Schwarzlotmalerei zum Einsatz kommt.

Am 1. Oktober 1917 wird die Filialkirchengemeinde Magdeburg-Südost errichtet. Die Pfarreierhebung erfolgt am 1. September 1938. Am 2. Mai 2010 wird die Pfarrei Johannes-Baptist Teil der neuerstandenen Kathedralpfarrei St. Sebastian. Der bauliche Zustand des Kirchengebäudes und die kleiner werdende Gottesdienstgemeinde, machen es im Jahre 2019 notwendig, den Gottesdienststandort Magdeburg-Südost aufzugeben. Nach 109 Jahren feiert die Kathedralpfarrei mit einer Vesper am Hochfest Christkönigssonntag, dem 24. November 2019, den letzten Gottesdienst in der St. Johannes-Baptist Kirche in Magdeburg-Salbke. Die nachfolgende Nutzung der Kirche durch die Selbständig Evangelisch-Lutherische Gemeinde Magdeburg ist nur von kurzer Dauer. Zwischenzeitlich ist die Kirche profaniert. Die verbliebenen Gemeindemitglieder haben in den anderen Gottesdienststandorten der Kathedralpfarrei eine neue Heimat gefunden.